1958年6月1日，徐州市五家镶牙所经上级批准，成立徐州市联合镶牙所，系集体所有制性质，隶属于云龙区卫生科。总所（原健康镶牙所）设在彭城路98号，下设四个分所,分别为:一分所是原虹光镶牙所（位于东站），二分所是原光华镶牙所（位于月波街）,三分所是原保龄镶牙所（位于淮海路），四分所是原太平洋镶牙所（位于大同街）。联合镶牙所成立时共有牙科椅位18台（其中升降椅3台；其余均为简易牙椅）、简易抽水痰盂13台、立体墙壁电机12台等小型器械设带；当时职工仅40人,其中医技人员39人，非医技人员1人；门诊业务以镶牙为主，治疗为辅，开展一些简单的补牙及拔牙业务，年门诊约3万人次.

1959年9月，徐州市联合镶牙所经上级批准，更名为徐州市牙病防治所，单位性质不变,隶属关系不变，自主经营，自负盈亏。更名以后，全所业务由以镶牙为主逐步向以牙病防治为主过渡。1962年,彭城总所科室设置有：口腔内科、口腔外科、口腔矫形科、技工室、X光室、药房、手术室、医护办公室，设病床10张。上半年全所更新油泵升降椅、自来水冲盂，技工室所有的7号、4号脚机全部更换为台式电机和打磨机，消毒设备由原来的煮沸器更新为手提式高压消毒器。

1972年10月，经上级批准，云龙、鼓楼两区管辖的牙病防治所合并，重新组成徐州市牙病防治所。彭城路98号为总所，四个分所保留不变，隶属于徐州市卫生局，升为正科级单位,单位性质不变，经济独立核算。当时有职工96名,其中卫技人员88名，行管后勤人员8名。

1975年，医院调整科室设置和医疗布局，即撤销大同、月波两个分所, 成立淮海口矫门诊部,王振涛任主任；大同分所改为大技工室，顾定一任主任;月波分所改为库房、电工维修室、财务室；彭城总所撤销口腔矫形科,成立大内科,同时恢复病房，开展简单的收治病人工作。

1979年8月3日，经徐州市“革委会”批准，徐州市牙病防治所更名为徐州市口腔病防治院，单位性质和隶属关系不变。1979年11月，全院率先在全市、乃至全省进行经济改革试点,当年的门诊量上升到95690人次，是1976年的1.7倍。1981年全年工作量上升到112949人次, 比1979年增长18%。

1983年以来，在拆除彭城路98号全部旧房的基础上，用长达六年的时间，分五期工程对医院的老、旧、危房进行改建、扩建、加层等施工。最终在1988年初,建成了总建筑面积达1651.19平方米的门诊病房综合楼（主体三层,局部四层）。门诊病房综合楼建成后，医疗办公用房得到改善，院容院貌不断更新，医院的规模明显扩大。

1986年,市政府修建彭城广场，淮海门诊部面临拆迁。为解决技工室安置问题，经卫生局党委出面协调，暂借公费医院三间楼房、三间平房给我院作为安置院办、财务、库房之用,原院办、财务、库房用房（大同街79号）安排给技工室。直至1988年，院部基建任务完成，院办、财务、库房才从公费医院搬回到彭城路98号。

1990年3月，全院的医疗科室基本集中到了彭城路98号的门诊大楼内。第二年在原地安置给我院两层楼房约207 平方米。经装修后,1992年12月1日成立了“徐州市青少年儿童牙病防治中心”，一楼安置正畸室，二楼安置儿童牙病室。

1997年,职工人数由建院时的40 人增加到152人,其中卫技人员113人，其他专业技术人员12人,行政后 勤人员27人，年门诊人次由建院初期的3万增加到16.6万。

1997年10月10日，经徐州市卫生局批准，徐州市口腔病防治院更名为徐州市口腔医院，体制和隶属关系不变。

医院于1998年4月从彭城路98号搬至彭城路112号，技工室搬至大同街青少年儿童牙病防治中心二楼。同时经卫生局协调，我院暂借公费医院半个病 区作为病房手术室收治病人。直至1999年元月，彭城路112号整个六层改建完工后，病房手术室才从公费医院搬回我院。

2000年，徐州市卫生局党委从市一院口腔科选拔周正国、王鹏来两位同志分别任口腔医院正、副院长。为了加强医院管理，二位院长上任后首先对医院各医疗科室进行调整，对中层干部实行竞聘上岗。同时加强了一系列规章制度的执行力度，理顺了全院上下的关系，保证了医疗秩序的畅通，促进了医疗质量和服务质量的提高。

1997年,经市政府再三协调安排，最终将土地管理局位于淮海西路140号办公地址的房产及其附着物（建筑面积5155.98平方米，上地面积2652.6平方米）以850万元的价格转让给我院。2002年12月工商银行徐州市分行将位于淮海西路132号的营业办公楼（建筑面积2855.88平方米）进行拍卖，我院最终以820万元的最高应价成交。2004年11月18日，医院行政、后勤、病房手术室及门诊各科室的一半以上人员搬到了淮海西路132号新院址,开始对外正常门诊。2005年3月根据新院址位置统一编定为淮海西路130号。

2010年5月，我院与徐州医学院签约共建“徐州医学院附属徐州口腔医院”，同年9月23日，“徐州医学院附属徐州口腔医院”揭牌庆典隆重举行。

2011年5月，经市卫生局批准，医院彭城门诊部及口腔研究所门诊试营业开诊。9月29日，徐州市成立由三家市级医院组成的特诊医疗服务中心。徐州市口腔医院为特诊医疗服务中心定点单位之一。（彭城路112号口腔医院拆迁）——彭城门诊部迁移

2013年6月，经美国“微笑列车”唇腭裂修复慈善基金会、国家卫生和计划生育委员会批准，医院正式成为“微笑列车唇腭裂修复慈善基金会项目”合作医院。同年10月23日，医院顺利通过江苏省三级口腔专科医院评审，被确认为三级口腔专科医院，纳入三级医院管理。

2014年1月23日，徐州市口腔医院与南京市口腔医院友好合作医院签约揭牌，成立南京市口腔医院口腔颌面外科徐州分部。3月1日，南京市口腔医院口腔颌面外科徐州分部正式开诊。（周正国院长退休）

2017年8月17日，我院首次获得的国家自然科学基金资助项目。10月25日，“国家口腔疾病临床医学研究中心”揭牌仪式暨口腔临床研究学术研讨会在上海世博展览馆隆重举行。会上，徐州市口腔医院获批国家口腔疾病临床医学研究中心“核心单位”。

2018年1月，新门诊大楼试运营开诊。4月11日，徐州市口腔医院成为“上海第九人民医院集团牙颌面畸形诊治专科联盟”成员。

2018年10月，我院引进“香港大学口腔科张成飞名医工作站”和“上海交通大学医学院附属第九人民医院正颌正畸联合治疗团队”。11月14日，上海第九人民医院集团口腔正畸专科联盟成立暨国家口腔疾病临床医学研究中心临床研究培训在上海九院成功举办，徐州市口腔医院成为上海第九人民医院集团口腔正畸专科联盟成员单位。

11月18日，徐州市口腔医院举行建院60周年庆祝大会。同日，徐州市口腔医院正式成为徐州医科大学直属附属医院（描述经过）。“徐州市口腔医院种植牙专科联盟”、“上海第九人民医院集团牙颌面畸形诊治专科联盟”相继揭牌。

2019年4月17日，我院党组织关系正式转交至徐州医科大学。4月29日徐州市口腔医院被授予“省五一劳模奖状”荣誉称号。同年5月，我院“香港大学口腔科张成飞名医工作站”和“上海交通大学医学院附属第九人民医院正颌正畸联合治疗团队”两个团队引进项目，获批市卫健委“徐州市引进临床医学专家团队计划”项目资助（A类），资助总额3000万元，分5年实施。随后，我院又相继成为上海第九人民医院集团口腔种植临床与研究专科联盟成员单位及上海交通大学医学院附属第九人民医院护理联盟成员单位。

2020年1月3日徐州医科大学附属口腔医院暨徐州市口腔医院丰县分院、丰县口腔医院成立。6月18日，徐州医科大学附属口腔医院召开干部大会，会议宣布：王鹏来同志任党委书记，陈昌锋同志任院长。同年11月，经中共徐州医科大学委员会（徐医大委字〔2020〕30 号）批准，中共徐州医科大学附属口腔医院第一届委员会委员由王鹏来、牛文芝、闫文蕾、陈昌锋、袁长永五位同志组成；王鹏来同志为党委书记，陈昌锋同志为党委副书记。闫文蕾同志为纪委书记。

2021年1月18日，我院儿童口腔科成功创建省级临床重点专科，口腔种植科获评“省级临床重点专科建设单位”。

2月22日，徐州市卫健委公布2020年市级临床重点专科名单，徐州市口腔医院新增牙体牙髓病科、牙周粘膜病科、口腔科护理三个市重点专科，至此，我院所有临床专科及亚专科实现“临床重点专科全覆盖”。

2022年1月19日,徐州市口腔医院获评“2019—2021年度江苏省文明单位”。1月24日,经江苏省教育厅和江苏省科学技术厅(苏教研函〔2021〕20号)批准，徐州市口腔医院获批“江苏省研究生工作站”，于同年3月正式揭牌。5月28日，徐州市口腔医院奎园门诊部盛大开业（奎园门诊部建设情况）。9月10日，我院获批国家自然科学基金项目资助。这也是继2017年我院袁长永教授获批国家自然科学基金项目资助后后，第二位获得此项基金资助科研工作者。

2023年1月19日，徐州市口腔医院王鹏来劳模创新工作室荣获“江苏省示范性劳模创新工作室”荣誉称号。7月4日，经徐州市卫健委批准，徐州市建筑工人医院正式划转我院托管。

2024年1月2日 口腔正畸科苏明以总分第一名的成绩获得江苏省第五届医师登台秀大赛苏北赛区复赛一等奖。代表徐州晋级省总决赛。

2024年3月20日徐州市口腔医院举办2024年江苏省老年口腔健康促进行动主题义诊活动。

2024年4月中国医师协会、白求恩精神研究会评选的全国第六届“白求恩式好医生”结果正式公布。徐州市口腔医院党委书记、主任医师王鹏来教授因其卓越的医学成就和无私的奉献精神，被授予“白求恩式好医生”的荣誉称号。

2024年4月10日徐州市口腔医院入选徐州市第二批医疗机构放射诊疗管理规范建设“试点单位”之一。

2024年4月11日徐州市口腔医院副院长袁长永教授带队一行三人赴上海参加由上海交通大学医学院附属第九人民医院副院长、国家口腔医学中心（上海）副主任、口腔颅颌面科主任医师王旭东教授作为项目首席科学家主持的国家重点研发计划“诊疗装备与生物医用材料”重点专项：新一代国产高活性钙磷人工骨材料器械应用示范研究项目启动会。我院作为江苏省内唯一一家被选中的临床应用示范基地，深度参与新一代国产高活性钙磷人工骨材料器械应用示范研究课题的研究。

2024年4月18日徐州市卫生健康委员会下发《关于公布2024年度市级护理重点专科评审结果的通知》我院口腔科护理成功通过评审，获批市级护理重点专科。

2024年5月10日徐州市口腔医院口腔颌面外科李长顺医生启程新疆奎屯市开展援疆工作。

2024年5月10日徐州市口腔医院护理部主任杜青荣获徐州市优秀护理管理工作者称号、牙周黏膜病科护士长冯昊冉荣获徐州市优秀专科护士称号、口腔颌面外科护士栾方杰荣获徐州市优秀临床一线护士称号。

2024年5月17日徐州市口腔医院承办2024年第九人民医院集团牙颌面急性诊治专科联盟年会暨首届淮海牙颌面畸形诊疗新技术发展大会。

2024年5月18日徐州市口腔医院正颌正畸中心揭牌成立。

2024年6月6日一带一路”国家印度Maulana牙学院Kumar教授以及孟加拉达卡大学Mendy牙学院的Azad教授一行到徐州医科大学口腔医学院进行学术交流和考察，并参观了徐州医科大学附属口腔医院。

2024年7月1日韩国全南国立大学口腔医学院院长金在亨教授一行莅临我院进行友好交流。

2024年7月8日江苏省科技厅公布的 2024 年度自然科学基金拟立项目评审结果中，徐州市口腔医院获批 2 项基金项目。

2024年7月于遵义医科大学隆重举行的“第10届全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛”口腔医学赛道中，徐州医科大学口腔医学院及附属口腔医院，在袁长永教授的带领下，斩获了优异的成绩。段荣泉老师带领的团队（亚微米拓扑结构通过力传导经由TRPV4促破骨分化在磷酸钙诱导成骨中的机制研究：徐天祺，唐炜，庄静茹，吴逸飞，刘佳妮）荣获省赛二等奖。任颖老师带领的团队（可塑形抗菌复合水凝胶负载多孔亚微米磷酸三钙引导种植体周围骨再生的研究：徐元青，陈宇航，高何）获得了省赛三等奖。

2024年7月徐州市口腔医院奎园门诊部（徐州市青少年儿童口腔科普基地）近日传来振奋人心的喜讯——成功获批2024年度“徐州市科普教育基地”。

2024年9月5日口腔护理科普能力交流活动在上海盛大举行，本次活动由中华口腔医学会口腔护理专业委员会主办，吸引了来自全国 55 家单位的热情参与。徐州市口腔医院以相声《苔藓，不是苔藓》斩获三等奖的优异成绩。

2024年9月26日新疆奎屯市卫生健康系统一行莅临徐州市口腔医院参访交流，签署《技术协作协议》。

2024年10月11日徐州市口腔医院牙周黏膜病科医生孙芳作为市卫健委2024年第二批柔性援疆专业技术人才，开启为期三个月的援疆工作。

2024年11月22日-23日“第二届淮海口腔医学发展大会暨首届淮海口腔医疗器械材料展览会”在徐州顺利召开。本次会议由淮海经济区口腔专科联盟、徐州医科大学口腔医学院主办，徐州市口腔医学会、徐州医科大学附属口腔医院承办。

2024年12月3日徐州医科大学附属口腔医院院长袁长永教授因在科研领域的卓越贡献，被约翰威立国际出版集团（Wiley）授予 “Wiley中国高贡献作者”荣誉称号。

2024年12月1日徐州市口腔医院官方网站全面改版升级并线上运行。

2025年1月21日徐州市口腔医院口腔正畸科推出“专家团队”诊疗服务。

2025年2月4日江苏省卫生健康委 2024 年度医学引进新技术评估项目和省医学科研项目获奖名单正式公布，王鹏来教授团队申报的《一种个性化钛网联合新型骨粉塑型装置的复杂颌骨缺损增量技术》，获 2024年度医学引进新技术评估项目一等奖。在2024 年度省医学科研项目立项名单中，院长袁长永教授申报的《“工程化细胞外囊泡” 促进牙髓组织再生的研究》获批面上项目，岳明辉博士申报的《下颌发育中 Msx1/2 通过 Wnt 信号调控麦克尔软骨发育的分子机制》获批指导性项目。

2025年2月21日徐州市口腔医院召开九届二次职工代表大会。

2025年4月2日中共徐州市委、徐州市人民政府发布《关于表彰2024年度徐州市高质量发展先进集体和先进个人的决定》。徐州市口腔医院凭借在科技创新领域的卓越表现，荣膺“2024年度徐州市高质量发展先进集体”称号。

2025年5月徐州市口腔医院开设九大特色专病门诊。

2025年8月27日徐州市口腔医院院长袁长永教授成功获批2025年度国家自然科学基金面上项目。

2025年9月19日徐州市口腔医院口腔健康文化IP“彭小牙”正式上线亮相！

2025年11月7日淮海口腔医学2025年度学术会议（病例大赛）暨口腔医疗器械耗材展示会在徐州召开，本大会参会人数达1596人，开展高水平学术活动82场，37企业参加展示。

2026年1月25日徐州市口腔医院首届职工羽毛球赛举办。

2026年2月4日徐州市发展和改革委员会正式发文，批准徐州市口腔医院牵头建设“徐州市数字化口腔种植技术工程研究中心”。

2026年2月9日召开徐州市口腔医院第九届第四次职工代表大会。

2026年2月12日江苏省卫生健康委员会公布2026年度省级临床重点专科评审结果，徐州市口腔医院——儿童口腔科、口腔种植科、口腔正畸科3个专科同步入选省级临床重点专科。

2026年3月2日 江苏省卫生健康委员会确定徐州市口腔医院为三级甲等口腔医院。